Erro nos links (menu)

Olá pra todos.

Já me deparei com vários tópicos sobre o assunto (Erro 404), mas nada se compara com o meu problema.

Meu site está aparentemene normal, mas o problema surge de uma hora pra outra, quando estou navegando.
As configurações de SEO estão ativadas e .htaccess foi modificado de acordo com o recomendado para não surgir o index.php.

Com tudo isso ainda surge um grave erro.

Exemplo o link é www.exemplo.com/quem-somos.html ao posicionar no link já vejo na barra de estatos o endereço: www.exemplo.com/index.php/missao-e-visao...itos/quem-somos.html



Como este endereço não existe ou o site vai exibir desconfigurado ou da o erro 404

Pra piorar o google está fazendo estas referências na busca.

Obrigado pela colaboração de todos.

Olá!
Se vc não entendeu posso dar maiores detalhes do que está acontecendo.
Isso é muito importante, já faz muito tempo que acontece com o site e não sei o que fazer...