Bom, primeiro vc precisa saber se quer um player pra ficar tocando direto enquanto o internauta navega no site ou só para a home page... para a segunda opção é bem fácil...
Procura o módulo mais adequado aqui:
http://extensions.joomla.org/extensions ... -a-gallery
e coloca na posição que quiser...
Agora, se o caso é o primeiro, o player continuar tocando mesmo se mudar de página, vc vai ter que fazer um frame e deixar o player no topo ou no rodapé... e provavelmente em flash se vc quer colocar uma lista pra tocar...