Em relação a mensagem moodle: needs to have user registration disabled as it is a slave. Users that register in a slave software can not login to Joomla, isso eu corrigi deixando o Joomla como Master, o Moodle como Slave e lá nas configurações de autenticação do Moodle, desabilitei todas ai a mensagem desapareceu.
Em relação a visualização dentro do iframe, não olhei isso ainda, mas acho que pelas configurações do Jfusion não tem como mudar isso, a visualização é só via wrapper mesmo.
Em relação ao aluno só se cadastrar pelo Joomla o primeiro item resolve isso, ai quando fiz o teste consegui logar no moodle normalmente só me cadastrando no Joomla.
Qualquer dúvida é só perguntar.
Att,
Fernando Palma