Joomla vem com Mootools como biblioteca javascript padrão e às vezes você não quer carregá-lo em determinados componentes. Isto poderia ser porque você está usando uma outra biblioteca javascript ou simples não precisa dele nesse componente. Bem, eu consegui descobrir um pequeno código, que estava perdido do fórum oficial do Joomla, para desativá-lo.
<?php
//Remove Mootools //
$document =& JFactory::getDocument();if($option == 'nome do component vai aqui ex com_content') {
$parameter_script = 'scripts';
$headerstuff=$document->getHeadData();
reset($headerstuff[$parameter_script]);
foreach($headerstuff[$parameter_script] as $key=>$value){
unset($headerstuff[$parameter_script][$key]); }
$document->setHeadData($headerstuff);}
?>
Este código vai na header do index.php do seu template.
Espero que este código seja útil em seus projetos.
Recomendo antes de qualquer teste, que faça um backup desse arquivo.