Tapes, acho que o jeito é não usar o estilo árvore nos comentários. Eu também já tentei usar e é muito chato de controlar, ainda mais se um comentário em particular começa a ter resposta atrás de resposta. Chega uma hora em que as ramificações ultrapassam a largura do layout.
Aconteceria mesmo no JComments.
Acessei o link que você postou e pelo menos no Opera está OK.
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