Então, eu dei uma pesquisada e tem um problema muito semelhante que pode acontecer "com certa frequencia", e como o problema é parecido, imaginei que a solução também poderia ser...
O lance é que o Joomla lida diferente com arquivos enviados pelo FTP e aqueles alterados através da administração da instalação.
Por exemplo, em alguns servidores os arquivos tem donos diferentes (owner, no FTP) então se um arquivo foi enviado pelo FTP, (o que normalmente acontece quando enviamos a instalação) ele é marcado como um "dono", normalmente teu login do FTP.
E às vezes acontece de quando esse arquivo é alterado pela administração do Joomla ele passa a ser de outro dono, tipo "apache" por exemplo...
Enfim, é meio complicado de explicar, é mais fácil de entender quando é explicado por quem entende melhor do assunto...
O link aonde achei está
AQUI
caso alguém queira entender melhor, tá em inglês...
Chrisostomo, coloca [RESOLVIDO] no título do tópico por favor, Valeu!