Por enquanto eu subi com os arquivos sem apagar os anteriores pensando que fossem sobrepostos... Realmente foram mas quando entrei no site não tinha nada diferente lá, embora os arquivos estivessem nas pastas. No admin também não tinha nem sinal de módulos novos instalados.
Vou testar outras possibilidades e posto os resultados assim que tiver alguma informação relevante.